卵圆孔是胎儿时期原发隔与继发隔之间的裂隙，胎儿期的卵圆孔是左房和右房之间的正常通道，右房血液通过卵圆孔进入左房，继发隔上有卵圆孔瓣，卵圆孔瓣开向左房侧，防止血液倒流；胎儿出生后，左房压增高，大于右房压，卵圆孔瓣贴敷于原发隔上，完成卵圆孔的生理性闭合，进而卵圆孔瓣与房间隔融合成一体，房间隔发育完成，形成左房与右房之间的分割。若卵圆孔瓣发育不良、卵圆孔过宽、或出生后右房压较高等原因，使得卵圆孔瓣与原发隔之间贴敷不良，在卵圆孔处左房与右房之间仍存在交通，即为卵圆孔未闭。卵圆孔一般在生后1年内闭合，成年人中有20%～25%的卵圆孔不完全闭合。卵圆孔未闭是目前成人中极为常见的先天性心脏异常，在正常人群中发生率约25%。

因左房压略高于右房压，所以正常情况下，略高的左房压起着将卵圆孔瓣压向房间隔从而关闭卵圆孔的作用。卵圆孔未闭时，卵圆孔处存在较小缺损，正常情况下，因左房压略高于右房压，所以存在左向右分流；当咳嗽或Valsalva动作时，右房压力增高，会引起右向左的分流，这就是逆向血栓（也称反常血栓）的病理基础。