心脏手术风险高，但是随着技术的进步以及经验的积累，具有一定的安全系数。国内大型心外科的心脏手术可以提供良好的近远期效果。

由于心脏疾病的复杂性和科学技术的局限性，心脏手术的风险来自于多个方面，首先，该类疾病确诊比较难，及时准确的诊断直接影响到治疗的效果。心脏手术大多是择期手术，需要完善的术前准备，急诊心脏手术往往风险要高十到数十倍。手术中需要整个医疗团队的密切配合以及高超的技术，精良的医疗设备也是必要的保障。手术中都需要麻醉，大多是全麻，成熟的心脏麻醉可以将麻醉风险降到数万分之一。

大多数心脏手术需要体外循环，体外循环是用人工的机器来代替心脏以及肺的工作，以便心脏能“空闲出来”进行手术，体外循环的风险多可以通过熟练的训练、精细的操作、手术团队密切的配合、严谨的工作态度来降低人为的故障率，但是不可抗拒力以及机械电子等故障还是有可能造成灾难性的后果。人体以及疾病本身对体外循环损伤的修复、耐受能力也是影响其效果的因素。

手术的风险主要来自疾病本身，心血管疾病对肺、肾、脑等都有一定的损害，或者本身就是不可分割的合并症，心脏手术又对肌体有一定的损伤，因此风险之高可想而知。国内优秀的心外科，心脏手术平均的死亡率在0.2%到1%不等，不同的疾病风险也不尽相同。比如成熟的心外科，大于一岁的常规房、室间隔缺损手术风险比较抵，可以小于0.1%，而复杂先心的死亡率在2%到5%之间，少数复杂心脏病的风险高达10%以上，而冠脉搭桥手术风险多在1%到2%之间。

正是因为心脏手术的专业性非常强，风险极高，患者选择心脏手术应尽量在专科心外科就医，选择具有数百例以上经验的医生进行手术，才能确保安全。目前全国登记在册的心脏外科医师不足8000人，全国开展心脏手术的500余家医院中，能成熟开展心脏外科手术的医院不足200余家，2009年，我国每年开展CABG手术>50例的医院，华东地区共17家，华北、东北地区共16家，华南地区和华中地区各5家。武汉亚洲心脏病医院已经连续8年心脏外科手术位列全国第3名，具有超过3万例手术经验，拥有大批富有经验的临床专家，连年心脏手术死亡率低于0.5%。